Se trata de una parte de la causa que siempre se investigó separada del expediente principal. Corresponde a la investigación de los crímenes cometidos en la Iglesia de la Santa Cruz, luego de que se realizara allí la reunión de un grupo de personas que buscaban definir qué estrategias seguir en el reclamo de la aparición con vida de sus familiares detenidos-desaparecidos.
Los hechos ocurrieron el día 8 de diciembre de 1977, cuando los familiares se disponían a retirarse de la Iglesia. Se había montado en el lugar un operativo llevado a cabo por oficiales de la ESMA armados, vestidos de civil, y haciéndose pasar por personal policial. En ese momento se produjo la detención de Eduardo Horane, María Eugenia Ponce de Bianco, Esther Ballestrino de Careaga, Patricia Oviedo, Raquel Bulit, la hermana Alice Domon y Ángela Susana Auad. En dicho operativo, también intervino Alfredo Astiz, aproximadamente desde el mes de junio de 1977 había comenzado a concurrir a las reuniones del grupo de familiares, haciéndose pasar por una persona que había sufrido el secuestro de un hermano, bajo el nombre falso de "Gustavo Niño".
Finalmente, el día 10 de diciembre de 1977, secuestraron a Azucena Villaflor de De Vincenti, fundadora de Madres de Plaza de Mayo, en el momento en el que salía de su domicilio. Horas más tarde repitieron el procedimiento con la hermana Léonie Renée Duquet.
En el año 2005, el Equipo Argentino de Antropología Forense (EAAF) identificó los cuerpos de tres fundadoras de las Madres de Plaza de Mayo: Esther Ballestrino de Careaga, María Ponce de Bianco y Azucena Villaflor de De Vincenti, de la religiosa Leonie Duquet y de Ángela Auad. Las marcas que surgen del peritaje realizado por el EAAF son compatibles con la metodología de los vuelos de la muerte, aunque deberá ser la justicia la encargada de dictaminar si esto es así.
